登録免許税
登記に対してかかる税金
登録免許税とは、土地や建物の権利関係を明示する登記に対してかかる税金のことを指します。
登記には新建築物の所有者を記載する「所有権保有登記」や、売主から買主に名義を変える「所有権移転登記」のほか、住宅資金の借入れの際には取得した土地・建物を担保にしますが、そのときに「抵当権設定登記」が必要になります。
税額はどれくらいかというと、住宅を新築した際の建物表示登記が非課税、所有権保存登記は建物の固定資産税評価額の0.2％。所有権の売買による移転登記は、土地、建物の固定資産税評価額の1％。抵当権の設定登記、債務金額の0.4％などとなっています。
平成19年3月31日までに、個人が自分で居住するためのマイホームを新築、または購入する場合（1年以内に所有権登記をする）、登録免許税が軽減される特例措置があります。
フラット35は債権を住宅金融公庫が買い取るので、抵当権設定登記は非課税となるので有利といえるでしょう。
所有権登記の軽減措置
登記は不動産を管轄する法務局に、登記申請書と関係書類を添付して申請します。所有権登記の軽減措置が受けることができるのは、適用要件を満たした家屋で、1年以内の登記と特例対象となる旨を記した家屋の所在地の市区町村長発行の住宅用家屋証明書を受け取り、登記申請書に添付しなければいけません。
ただし、登記後に証明書を出しても特例は受けられません。
なお、抵当権設定登記の非課税扱いは税法で明示され、公庫が抵当権者となる場合、フラット35や公庫融資利用者には登録免許税はかかりません。ですが、登記簿に抵当権設定の記載をする際に、司法書士への手数料がかかりますので注意してください。