抵当権設定の仕組み
第一順位の抵当権設定
住宅に対する融資では、金銭消費貸借契約に基づいて抵当権設定契約に従って、敷地と建物に第一順位の抵当権設定が原則となります。
フラット35の場合は、公庫がバックアップしているとはいえ民間金融機関の住宅ローンのため、金銭消費貸借契約は申込人と金融機関の間で締結しますが、融資実行と同時に住宅ローン債権を金融機関から公庫が買い取るので、抵当権設定契約は、申込人と公庫の間で第一順位の抵当権設定をします。
なお、フラット35と財形住宅融資を併用したい場合は、第二順位の抵当権設定になります。また、民間住宅ローンの併用では第三順位となりますが、先順位がなければ第二順位となります。
所有権以外の抵当権設定
所有権以外の敷地の担保設定は、建物とともに一定条件に従い第一順位の抵当権が設定されるので、事前に金融機関の窓口で確かめておきましょう。
なお、敷地が借地（普通借地権、定期借地権及び建物譲渡特約付借地権）の場合でも利用できますが、抵当権設定については、地主が承諾していなくても利用できる場合があるので、これも取扱金融機関で確認しましょう。
ただし、使用貸借（敷地の所有者が申込人の配偶者または直系親族の場合）では、抵当権の設定が必要となります。
土地・建物に共有者がいれば、申込人が抵当権設定のための登記時に申込人および担保提供者として印鑑証明書（作成後3ヶ月以内のものに限る）を取扱金融機関に提出しましょう。
抵当権設定においては登録免許税（債権金額）×0.1％（軽減措置の場合）が必要となりますが、フラット35は公庫が設定者のため非課税です。