保証料がかからない
外枠方式と内枠方式
個人に対して、長期の間に多額な資金が貸し出される住宅融資では、貸出機関は返済を確実にするため、人的保証である連帯保証人制度よりも、保証料を支払って保証機関に保証を委託する制度を採用する方が有利といえるでしょう。
例えば、公庫融資では連帯保証人か、公庫融資保証協会に保証を委託するかの選択制でしたが、平成17年から保証料相当額を金利に上乗せして保証料をゼロにしました。
民間住宅ローンでは、保証料を支払うことで保証会社が保証人となる機関保証（外枠方式）あるいは保証料相当分を融資金利に上乗せするケース（内枠方式）が見られ、どちらかを選択して支払います。
この場合結果的に、保証料は最初に一括で支払う外枠方式のほうが総返済額が少なくて済みます。
内枠方式のみ採用
一方フラット35は、民間住宅ローンのように、機関保証、あるいは保証料相当分を融資金利に上乗せするケースのどちらかを選ぶのではなく、後者の融資金利に加算されるケースのみを採用しています。
民間住宅ローンの機関保証と比較した場合、借入れに際して、当初の諸費用の負担が大幅に軽減できるという大きな利点があり、より借りやすいといえます。
金利に上乗せされるため、結果的にフラット35は保証料なしで借りることができますが、金融機関の審査、または住宅ローンの買取りを予定している住宅金融公庫の審査の結果によっては、利用できない場合もあるので注意が必要です。